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我国微耕机面临的问题主要有三个：规模小、成本高;“三化”水平低，使用水平低，维修成本高。
规模小、成本高：截至2012年，我国生产微耕机的厂家众多，但现阶段市场总量并不大，一方面企业没有效益，而另一方面，农民又认为微耕机价格太高。
“三化”水平低：由于生产厂家多，参照的机型也多，大家各自为政，所以“三化”水平非常低。
使用水平低，维修成本高，使用不当是造成机器故障的一个重要因素。其一是机主为了减少费用，往往不使用规定标号的燃油，再加上一些地区燃油品质确实较差，使发动机经常出现故障。其二是长时间超负荷作业，工作环境差。
此外，风冷柴油机和汽油机没有缸套，一旦出现“拉缸”等问题，就要更换整个缸体，加上维修工时费等，用户要花费700-800元。成本费用太贵。