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发动机空载磨合并检查完毕后，即开始整机的空负荷磨合工作。整机空负荷磨合是在道路上和田间进行的，只用行走轮，不加载耕作机具。
微耕机整机空负荷磨合的具体方法：左手握紧主离合器手柄，检查离合是否正常，如不正常，调整主离合拉线;双手握放转向离合器手柄，检查转向是否灵活，如不灵活，调整转向离合拉线;拉动主离合器操作杆到“离”的位置，在不加油的状态下，检查各排档的档位是否灵活到位，检查并调整完毕后，把主离合器手柄拉到“离”的位置，先加油，后排档，然后推动主离合器手柄到“合”的位置，微耕机行走;握紧左转向离合器手柄，微耕机向左转向行走,握紧右转向离合器手柄，微耕机向右转向行走.不论是主离合器，或者是转向离合器，在分离时，要迅速、彻底结合时，要柔和平顺。先采用低速前进档运行1h,再采用快速前进档运行1h，磨合中，经常观察各部件是否工作正常，检查发动机和变速箱有无漏油、漏气、漏水现象，如发现故障，要及时停机排除。整机空负荷磨合完毕后，把主离合器手柄拉到“离”的位置，关闭油门和点火开关，微耕机熄火停机，磨合结束。
磨合结束后，润滑油中含有大量的金属粉末，必须清洗，并更换润滑油。趁热放空汽油发动机曲轴箱内的机油，再加入0.50kg左右的汽油，在关闭点火开关和油门的状态下，拉动启动绳20-30次进行清洗，然后放空发动机曲轴箱内的汽油，再按规定加足新的机油。趁热放空柴油发动机曲轴箱内的机油，再加入0.50kg左右的汽油或柴油，在关闭油门的状态下，用手摇柄摇动曲轴20-30圈进行清洗，然后放空发动机曲轴箱内的柴油，再按规定加足新的机油。拆下机油滤清器，用清洁的汽油或柴油清洗后，再装回机油滤清器。趁热放空变速箱内的齿轮油，再加入1kg左右的汽油或柴油，在关闭点火开关和油门的状态下，挂上低速档，推动微耕机行走5-10min，然后放空变速箱内的汽油或柴油，再按规定加足新的齿轮油。